Врожденные патологии одного лишь языка встречаются нечасто, и, даже если щенки или котята имеют выраженные пороки развития, например расщепление нёба, язык часто остается в норме. У щенков описано заболевание, известное как птичий язык. Оно характеризуется патологическим сужением органа с деформацией и нарушением глотания. Дефект предположительно обусловлен простым рецессивным геном.

Большинство заболеваний языка — приобретенные, часто травматические и воспалительные (глоссит), последние обычно часть синдрома стоматита.

Повреждения языка возникают вследствие укушенных ран или лизания острых предметов и грубых поверхностей. К другим травмам относятся химический или электрический ожог, реже попадание языка в петлю из нейлоновой рыболовной лески или ниток.

Клинические симптомы: животное скребет лапой рот и выделяет слюну с кровью. Повреждение языка видно при осмотре. Лечение включает контроль кровотечения, зашивание разрывов и, при необходимости, возможную ампутацию части языка (собака неплохо чувствует себя без передней трети языка). Петли и инородные тела следует удалять под общей анестезией с последующим назначением антибиотиков широкого спектра.

Глоссит — наиболее частое заболевание языка, особенно для кошек, у которых язвенный глоссит, связанный с вирусом герпеса (вирус ринотрахеита кошек) и кальцивирусом (кальцивирусная инфекция), может быть неизлечим. Основная задача при лечении таких кошек состоит в адекватном питании и гидратации при сильной боли и как следствие дисфагии. Для преодоления острой фазы заболевания может потребоваться фарингостомическая интубация.

Тяжелые язвы языка у собак часто сопровождают острую и хроническую почечную недостаточность и панкреатит, однако патогенез еще недостаточно изучен. Для больных собак характерны анорексия, депрессия, неприятный запах изо рта и гиперсаливация. На свободных краях языка может образовываться некроз с последующим отторжением омертвевших тканей. Многие собаки могут пережить потерю лингвальной ткани, при условии коррекции основного системного заболевания и назначении парентерально антибиотиков и противогрибковых средств.

У кошек с эозинофильными гранулемами губ можно обнаружить лингвальные или сублингвальные поражения.

Карциномы сквамозных клеток у кошек могут поражать язык на корне или при внедрении из первичного десневого участка. При лечении этих опухолей можно применять лучевую или термическую терапию при наличии необходимых приспособлений. У собак опухоли языка встречаются редко.